L’edificio venne originariamente costruito nel XVII secolo per svolgere la funzione di chiesetta gentilizia dei conti Bellavitis. Dopo essere rimasto in forte degrado per cinquant'anni nel 1929, come si può evincere dall’epigrafe, fu fatto restaurare dal conte Ugo in memoria della madre Anna d'Este.
Villa Bellavitis fu acquistata nel 1948 dalla parrocchia di Treppo Grande dai conti Bellavitis i quali, successivamente, hanno donato la sola chiesetta di Sant’Anna.
Danneggiata dal terremoto del 1976 l’edificio venne successivamente restaurato.
