Il 20 maggio 1662 gli abitanti di Flagogna ottennero l'autorizzazione a costruire una chiesa in onore della Madonna e di S. Floriano nel luogo in cui tutt’oggi si trova una ancona votiva. La richiesta era motivata dall'esigenza di invocare la protezione divina per la comunità e per il bestiame, e l’edificio era dedicato inizialmente alla beata Maria Vergine e a san Floriano. Il 18 maggio 1821 il parroco ottiene che alla chiesa sia dato il titolo di "Auxilum Christianorum", ovvero “Aiuto dei Cristiani”, data la sua funzione protettiva.
Nel 1820 Una piena del fiume Tagliamento distrusse l’edificio, ricostruito l’anno seguente, per essere poi nuovamente distrutto dal terremoto del 1976 e nuovamente rimesso in piedi.
